文字化けの事情について、マイクロソフト社のページに解説がありました。

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一部の JIS (Japan Industrial Standard) Web サイトが Internet Explorer で正しく表示されない場合があります。この問題は、JIS ベースの Web サイトが HTTP ヘッダーで JIS エンコードを指定していない場合に発生する可能性があります。たとえば、Web サイトが Meta タグで JIS のみを指定している場合です。
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とのことです。

「日本のアーキビスト」の場合は「Web サイトが Meta タグで JIS のみを指定している場合です 」に該当したようです。なお、文字化けの起こるケースは2010 年 12 月の MS10-090 (KB2416400) を当てた場合、だそうです。またHTMLファイルにおいて文字コードが明示されていないページは再読み込みを行っても文字化けは解消されません。